有個別精神藥物是有致畸性的，大多數(shù)精神藥物被列為c類，也就是風(fēng)險不能排除，這類藥缺乏人類研究數(shù)據(jù)，但是動物的試驗(yàn)呈現(xiàn)一個陰性的或者是少數(shù)的這樣一個情況，這種潛在的風(fēng)險容易被忽略。
碳酸鋰一直認(rèn)為和心臟的先天畸形有關(guān)系，但是也有些研究并沒有做出這樣的數(shù)據(jù)。苯二氮?類過去認(rèn)為和唇腭裂伴發(fā)，后來的研究孩子的唇腭裂的發(fā)生風(fēng)險也沒有顯著的增加。用于心境穩(wěn)定劑的藥物像丙戊酸鹽，卡馬西平與增加先天畸形的風(fēng)險相伴發(fā)，所以這類藥物禁用于妊娠。
同時像三環(huán)類抗抑郁藥應(yīng)用與妊娠期是相對比較安全的，像常用的阿米替林、丙咪嗪、氯丙咪嗪，但是在用藥期間做好需要濃度的監(jiān)測。選擇性五羥色胺再攝取抑制劑一般相對也是比較安全的，優(yōu)先要選擇的是舍曲林，西太普蘭。
典型的抗精神病藥物像氯丙嗪，氟哌啶醇等等，也是相對比較安全的。氯氮平可以引起粒細(xì)胞缺乏，但是對于懷孕以后暴露在氯氮平這種環(huán)境下的嬰兒，并沒有發(fā)生實(shí)質(zhì)性的提高。所以，在應(yīng)用藥物的時候先選用這種藥物相對比較安全的，像氯氮平只有在難治性精神分裂癥患者當(dāng)中才會選用。
